L'intolérance au gluten sous-tend une maladie auto-immune. L'organisme n'a pas la possibilité de dégrader la molécule de gluten. La paroi de l'intestin la laisse passer et celle-ci se retrouve dans le sang. Le corps réagit bruyamment devant cet organisme étranger. Entre le moment où l'aliment contenant du gluten est ingéré et celui où le corps réagit, il y a un temps plus ou moins long selon les personnes.
L'allergie alimentaire, en revanche, entraîne des symptômes immédiatement après avoir mangé l'aliment en question. Il n'y a pas d'allergie au gluten, mais plutôt au blé, aux céréales, etc. Les symptômes peuvent être digestifs, mais aussi cutanés (avec picotement au niveau de la bouche et des lèvres), et respiratoires (pouvant aller jusqu'à l'Oedème de Quincke).
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